Desde su creación, el SENA ha brindado servicios de formación técnica y tecnológica a los y las jóvenes de áreas urbanas y rurales.
En el año 2003, como parte de la política nacional de generación de empleo, la entidad decidió poner en ejecución un programa piloto para Jóvenes Rurales Emprendedores -JRE- en 167 municipios de Colombia, seleccionados por tener los mayores índices de Necesidades Básicas Insatisfechas (NBI).
Creando condiciones para que la población vulnerable y rural tenga la posibilidad de incorporarse a actividades productivas de la región, mediante la gestión de proyectos productivos asociados al proceso formativo para incidir favorablemente en sus ingresos, calidad de vida y productividad.
Para el 2008, el Programa ya contaba con presencia en 1.091 municipios, de los 32 departamentos del país. El Programa para Jóvenes Rurales Emprendedores nació como una estrategia para aumentar la productividad y competitividad del sector agropecuario, posteriormente se incluyeron emprendimientos de otros sectores de la economía nacional, como industria, comercio y turismo.

La metodología de ejecución del Programa Jóvenes Rurales Emprendedores está enfocada hacia la formación por proyectos. Inicialmente, se identifican las demandas y potencialidades planteadas en los Planes de Desarrollo Municipales y Regionales junto con las cadenas productivas potenciales para el desarrollo económico de la región.
Para la selección de las/os jóvenes rurales emprendedores/as, las y los Gestores del Programa o Coordinadores/as Académicos realizan una etapa de inducción en cada uno de los municipios que han participado en la definición de los proyectos productivos. Durante la inducción se dan a conocerlos beneficios identificados en cada proyecto productivo seleccionado como alternativa viable para mejorar el nivel de vida de la población local, así la y el emprendedor/a-aspirante tiene la oportunidad de escoger el proyecto que más se adecue a sus competencias.
La estructura de soporte para la gestión del Programa está compuesta por:
1. Nodos regionales de gestión de agro negocios: responsables de gestionar la conformación de redes por producto, a fin de propiciar la homogenización en los métodos de producción y tecnologías empleadas y la asociatividad empresarial y comercial entre las y los emprendedores.
2. Centros de formación: tienen a su cargo la concertación entre los Nodos regionales para la conformación de programas de formación por subregiones, la asignación del presupuesto y de las y los tutores para la ejecución de los programas subregionales.
3. Unidades móviles empresariales rurales: apoyan la gestión y fortalecimiento de varias unidades productivas en los municipios que conforman un nodo e integran las acciones de las instituciones locales para el fortalecimiento integral de las unidades.
4. Laboratorios empresariales rurales: aplican durante el desarrollo de los proyectos la metodología de “juego de roles”, a través de la cual cada emprendedor/a selecciona el rol que más se ajuste a su perfil para realizar la gestión administrativa y productiva del proyecto, por ejemplo, mercadeo, contabilidad, gerencia, etc. Periódicamente se cambian los roles para que todos las y los emprendedores asuman diferentes funciones en el proyecto.
5. Fortalecimiento a unidades productivas: este fortalecimiento de la gestión administrativa y productiva de las unidades es realizado por las y los aprendices del SENA recién titulados de tecnólogos.
A través de la implementación de la idea de negocio propuesta, las y los emprendedores desarrollan las habilidades y destrezas aprendidas durante el proceso de formación, con el acompañamiento de Gestores rurales (instructores técnicos) contratados por el SENA.
Los programas de formación que se imparten cuentan con calendario y horarios flexibles, al igual que ambientes reales de aprendizaje, coherentes con el objetivo del proyecto y el ciclo productivo del mismo.
Los proyectos productivos desarrollados en el Programa Jóvenes Emprendedores Rurales cuentan con capital semilla entregado por el SENA como parte de los materiales de formación. De igual manera, las/os jóvenes emprendedores/as son apoyados para acceder a recursos de financiación a través de fuentes de crédito o el Fondo Emprender creado por el gobierno central de Colombia.

Durante los años 2006 a 2009, el Programa ha brindado formación técnica y empresarial a 657.174 jóvenes rurales ayudando directamente en la generación de empleos directos e indirectos alcanzando a 32 departamentos de Colombia en más de mil municipios.